白鲨成员迅速扩张，终于染指政权。
星历107年，在白鲨的操控之下，圣帝托纳最高科技院资源被剥离，大量科学人员以及边缘低等公民被驱逐。
此时，白鲨已经显示出了它的极端性质——异能者至上主义。
在白鲨的残暴恶行之下，公民开始醒悟，元祖派势力重新站到台前，他们首先帮助被驱逐的科学人员在圣星以北的雪原建立了临时的栖息地——安德鲁托。
接着，元祖派势力揭露了一个秘-密——晶矿带来的力量，并非是安全的。
白鲨的威信受到质疑，未立稳的政权岌岌可危。
白鲨开始在国内发动极端反抗，并妄图联合莘耶特分割圣帝托纳。
圣帝托纳进入“内乱时期”。
然而内乱还未开始，便被扼杀了。
结束它的，是一个异能者的死。
那是一个白鲨与莘耶特组建的临时军里的一个异能者。他依靠晶矿的力量，从一个普通的速度加持异能者，变成了一个可以与元素异能者抗衡的存在。他大量地汲取晶矿，甚至突破到了一个新的高度。
然而就在他突破的瞬间，他体内的能量突然爆裂，甚至让他整个人都被撕裂。
有传说，当时满地的碎裂尸块中，甚至找不到一块大过巴掌的。
元祖派曾经说过的“秘-密”终于被重视，许多异能者停止汲取晶矿的力量，但依旧有人不以为然。
这些人，为他们的不以为然付出了代价。
接二连三爆体而亡的异能者，终于让这场荒唐的战乱被扼杀在萌芽之中。
一时之间，异能者人人自危，晶矿被束之高阁。莘耶特当机立断，闭国以防御。
圣帝托纳部分势力借此机会，消灭了白鲨组织，并成立三个集团军，分散军权，重建圣帝托纳体系。
圣星进入第二个和平时期。
这期间，出现了大量的城间商人，他们来自牧斯玛。
牧斯玛的公民以行商为主，他们能操纵海兽，擅于水战。
他们以海中资源与帝国之间交换物资，却被圣帝托纳与莘耶特当做一个零散的部落，而未在意。
这也是牧斯玛能在之后的日子里，成长为一个商贸中心的契机。
同样在此期间，安德鲁托没有停止对科技的探索。他们对这种晶矿的力量很感兴趣，于是他们以开发的合成食物技术换取了大量被人忌惮、弃之如敝履的晶矿。
终于，星历114年，安德鲁托开发出了一种能以晶矿驱动的武器，这种武器被称为“机械灵兵”。
机械灵兵被分为两种，每种分为不同等级，普通人与异能者都能使用。
安德鲁托并没有第一时间分享这个消息，他们封锁了消息，并创立了一支以操纵机械灵兵为主的军队。
星历126年，安德鲁托对外宣布成立“安德鲁托共和国”，并宣布了机械灵兵的存在。
而此时，安德鲁托的机械灵兵军队已经十分纯熟。
圣帝托纳已经掌控政权的元祖派十分震怒。但机械灵兵的威力让他们忌惮。
安德鲁托并不想与圣帝托纳为敌，同意向圣帝托纳优先出售机械灵兵。
莘耶特结束闭国，并从牧斯玛的商人手中得到了机械灵兵。
很快，各国以操纵机械灵兵为主的兵种成立，机械灵兵迅速成为了人类主要战力之一。
重新得到力量的莘耶特蠢蠢欲动，但汲取晶矿带来的后遗症掣肘着他们的拳脚。
汲取过晶矿的异能者的病痛问题，成为了几国共同面临的难题。
这个难题，最终被安德鲁托解决了。
星历279年，安德鲁托发现了一种能平衡晶矿力量的物质，它们被称为“灵药”。
灵药的成分不明，只存在圣星原生动植物之中。
然而他们最大的作用并非是针对异能者，而是普通人——灵药打破了基因壁垒，缓解了被盖亚病毒缩减寿命的症状。
机缘巧合，元祖安云凡的后裔出现了精神力异能突变，他能改变植物的生长，从而得出天然的灵药。
这种灵药是植物的果实、枝叶、根须……
它们能让异能者体内的晶矿残留物质被清除干净。同时，也能安全地提升异能者的力量。
这一发现，让圣帝托纳重新站到了帝国的中心点，找回了元祖之国的尊严。
元祖后裔并没有打算私藏这一技巧，他不顾政派的反对，广收学子，不分国度，教授这种新生的能力。
自此，一个能与“异能者”、“机械灵兵”抗衡的新势力诞生——“种植师”。
种植师同样需要天赋，有精神力异能的异能者，在种植方面更有天赋。
很快，这些种植师不仅研发出了针对不同异能者的“灵药”，他们还带来了一种新的异能武修理念。
那是以人体脉络为基础的能量异化，甚至普通人也能修行——当然，效果与异能者相比实在是天差地别。
因为种植师的出现，帝国之间进入第三个和平时期。
这也是持续时间最长的和平时期。